ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2468 คณะกรรมการสูงสุดของโคมินเทิร์นได้สั่งให้คอมมิวนิสต์ในอินโดนีเซียเข้าร่วมต่อต้านจักรวรรดินิยมกับองค์กรที่ไม่เป็นคอมมิวนิสต์ แต่กลุ่มที่สุดโต่งนำโดยอาลีมินและมุสโก เรียกร้องให้ปฏิวัติล้มล้างรัฐบาลอาณานิคมของดัตช์ ในการประชุมที่ปรัมบานัน ชวากลาง สหภาพการค้าที่ถูกควบคุมโดยคอมมิวนิสต์ตัดสินใจปฏิวัติโดยเริ่มจากการนัดหยุดงานของคนงานทางรถไฟ ซึ่งจะเป็นสัญญาณ จากนั้น การปฏิวัติจะเริ่มขึ้น

แผนการปฏิวัติเริ่มต้นที่ปาดัง ในเกาะสุมาตรา แต่เจ้าหน้าที่ของรัฐบาลเข้าปราบปรามให้สงบได้ ตั้งแต่ พ.ศ. 2469 การจับกุมสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ทำให้พรรคต้องต่อสู้ใต้ดิน ความแตกแยกในกลุ่มผู้นำพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย ทำให้การปฏิวัติไม่ได้วางแผนดีพอ ตัน มะละกาซึ่งในขณะนั้นเป็นตัวแทนโคมินเทิร์นในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้และออสเตรเลีย ไม่ได้เห็นด้วยกับแผนนี้ เพราะเขาเชื่อว่าพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียยังได้รับการสนับสนุนไม่มากพอ ในที่สุด แผนการปฏิวัติในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2469 ถูกยกเลิกไป แต่ก็มีการปฏิวัติในขอบเขตจำกัดขึ้นในปัตตาเวีย ในวันที่ 12 พฤศจิกายน มีเหตุการณ์คล้ายๆกันนี้เกิดขึ้นที่ปาดัง บันตัม และสุราบายา การปฏิวัติในปัตตาเวียเกิดขึ้นเพียง 1-2 วัน และใช้เวลาเพียงไม่กี่สัปดาห์ก็สามารถปราบปรามได้ทั้งประเทศ ผลจากการปฏิวัตที่ล้มเหลว มีผู้ถูกจับกุม 13,000 คน ถูกจำคุก 4,500 คน ถูกกักขัง 1,308 คน และลี้ภัยไปเมืองดิกุล นิวกีนีตะวันตก 823 คน[4] มีคนตายในเมืองหลวงหลายคน นักการเมืองที่ไม่ได้นิยมคอมมิวนิสต์หลายคนกลายเป็นเป้าหมายของรัฐบาลอาณานิคมระหว่างที่มีการควบคุมการปฏิวัติของฝ่ายคอมมิวนิสต์ พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียกลายเป็นพรรคนอกกฎหมายโดยรัฐบาลดัตช์อีสต์อินดีสใน พ.ศ. 2470 ทำให้พรรคต้องกลายเป็นองค์กรนอกกฎหมายและต่อสู้ใต้ดินจนถึงยุคที่ญี่ปุ่นเข้ามาปกครอง[5]

การดำเนินงานในช่วงแรกของพรรคหลังกลายเป็นพรรคนอกกฎหมายมีจำกัด เพราะผู้นำพรรคส่วนมากถูกจำคุก จนกระทั่ง พ.ศ. 2478 มุสโซ ผู้นำพรรคกลับมาจากการลี้ภัยในมอสโก ได้จัดตั้งองค์กรของพรรคขึ้นมาใหม่ พรรคทำงานภายในแนวร่วมที่หลากหลาย เช่น เฆอรินโด และสหภาพการค้า ในฮอลแลนด์ พรรคคอมมิวนิสต์เข้าไปทำงานในกลุ่มนักศึกษาอินโดนีเซีย ในองค์กรชาตินิยม และต่อมาก็สามารถควบคุมองค์กรนั้นได้[6]